До розробки літака Як-40 в ОКБ А. С. Яковлева (у даний час авіаційна корпорація "Яковлев") приступили в квітні 1965р. з метою заміни на місцевих авіалініях старих поршневих літаків Ли-2, Ил-12 і Ил-14. Він став першим у світі пасажирським реактивним літаком для місцевих авіаліній. Літні іспити почалися в жовтні 1966 р. Серійне виробництво почалося в 1968р. на авіаційному заводі в Саратові . Цей літак став першим вітчизняним літаком, що одержав сертифікати літної придатності Італії і ФРН.
Спочатку літак випускався зі злітною масою 14,7 т і числом місць 27, дальність польоту складала 710 км (з резервами палива). Пізніше приступили до випуску поліпшеного варіанта зі злітною масою 16,1 т і числом місць 32. На цій модифікації удалося збільшити дальність польоту. Схема з прямим крилом і кормовою установкою трьох двигунів, середній з яких оснащений реверсивним пристроєм . Можливий горизонтальний політ з одним із трьох двигунів.
Пасажирські літаки будувалися в різних варіантах, що відрізнялися злітною масою і навантаженням.
У 1992 р. почалися переговори з американською двигунобудівною фірмою "Текстрон Лайкоминг" про створення варіанта літака Як-40Т1 із двома ТРДД LF507.
Установлене пілотажно-навігаційне устаткування дозволяє здійснювати політ вдень і вночі, у простих і складних метеоумовах і включає автопілот АП-40, курсову систему ГМК-1М , авіагоризонт ЛГБ-ЗК, магнітний компас КИ-13, два автоматичних радіокомпаси АРК-9, курсоглісадну систему посадки СП-50, радіовисотмер малих висот РВ-ЗМ.
До складу радіозязкового устаткування входять командні радіостанції "Перо-11 " (Р-860-11) або радіостанції "Конвалія -5" і "Балкан-5". Установлений метеолокатор "Гроза". Експортні літаки відрізняються по складу пілотажно-навігаційного і побутового устаткування.